באופן פרדוקסלי, דווקא הרושם שהותיר בתחילה כי אין לו שאיפות פוליטיות הביא לקידומו המהיר בשורות הצבא, עד שמונה לדרגת המפקד העליון של הכוחות המזויינים, זאת תחת ממשלת שמאל שבראשה עמד סלבדור איינדה (מנהיג מפלגת "החזית הפופולרית") בראשית שנות השבעים.

אך בספטמבר 1973, הנשיא איינדה גילה עד כמה הוא טעה בהערכתו את פינושה. הוא מצא את מותו בהפיכה שהוביל הגנרל פינושה, שעמד בראש החונטה הצבאית שהשתלטה על המדינה. פינושה הורה על שורת טיהורים על רקע פוליטי בצ'ילה – שהביאה לרציחתם של למעלה מ-3,000 תומכי משטר איינדה, כאשר אלפי אזרחים נוספים נעצרו, עונו או "הועלמו" על-ידי החונטה האכזרית. פינושה סגר את שערי הפרלמנט הצ'יליאני, אסר על כל פעילות של תנועות פוליטיות או איגודים מקצועיים וב-1974 מינה את עצמו לנשיא המדינה.

אך באמצע שנות השמונים, החלו תנועות השמאל בצ'ילה לקום מחדש, ולארגן עצרות מחאה המוניות נגד פינושה. ב-1986 הוא ניצל בקושי מניסיון התנקשות בחייו.

החוקה הלאומית שנוסדה ב-1980 על-ידי המשטר הצבאי, הציבה לוח זמנים לבחירת נשיא לצ'ילה. היא התירה עריכת משאל עם על השאלה האם פינושה צריך להיות המתמודד היחיד בבחירות לנשיאות המדינה. למרבה תדהמתו ואכזבתו של פינושה, הצעה זו נדחתה, ופינושה נאלץ לקבל את שובם של אזרחים לשורות הממשל.

ב-1990 הוא עזר בחוסר רצון מופגן את כס הנשיאות. אך הוא נותר מפקד הצבא, תפקיד אותו ניצל כדי להבטיח שלא תהיינה תביעות כנגד אנשי כוחות הביטחון שלו שהיו חשודים בהפרת זכויות אדם וכדי למנוע יוזמות פוליטיות רדיקליות.